Raceledelsen har i 2013-sesongen kunnet gi en fører 1-10 straffepoeng om vedkommende har gjort noe farlig, brutt en regel eller lignende. Når en fører har samlet fire poeng, har føreren måttet starte lengst bak på startfeltet i det neste racet. Førere med sju poeng har måttet starte fra depotet, og ved ti poeng blir føreren diskvalifisert.
Et eksempel på utdelte straffepoeng i 2013 var da Marc Márquez krasjet ved gulflagg under trening på Silverstone, og hans Honda holdt på å treffe funksjonærer som jobbet med Crutchlows motorsykkel etter sistnevntes krasj, som var grunnen til gulflagg. Márquez fikk to straffepoeng for episoden.
Tidligere har poengene blitt slettet etter sesongens slutt, men nå justerer en systemet slik at poengene gjelder i ett år fra de deles ut – uansett sesong. Dette kan komme som en konsekvens av finalen på Valencia, og at førerne har gitt blaffen i poengsystemet siden det ikke er flere race igjen etter finalen. I år ble det en veldig intens finale med nærkontakt mellom først og fremst Pedrosa og Lorenzo.
Raceledelsen forteller også at de jobber med regler for omstart av omstartet race. De har innsett at det kan være nødvendig å starte et omstartet race på nytt, og jobber derfor med et regelverk rundt dette.